新生儿碘缺乏的危害主要是引起先天性甲状腺机能低下症（先甲低）检出率的升高。在碘营养正常的发达国家先甲低检出率一般为1／3500～1／5000，这部分属于散发性的、而在碘缺乏的发展中国家，其检出率可高达5～10％，也就是说增加了200-500倍。先甲低检出率增高的原因是碘缺乏所致，如不能早期诊断和治疗将同样导致患儿终生智力残疾。妊娠期补碘可以使过高的先甲低检出率下降到正常。先甲低的筛查可以用于评估干预措施的效果。此外，碘缺乏严重地区，还可见到新生儿甲状腺肿。
        婴幼儿正处于脑发育的第二个关键时期。和胎儿一样，对碘缺乏极为敏感。胎儿的严重碘缺乏若延续到婴儿期继续存在，势必发展成为典型的克汀病患者。如果婴幼儿碘缺乏程度较轻，将可能出现克汀病征候谱的轻度组合，或成为亚临床克汀病或仅有轻度智力低下。在婴儿刚仅表现为对周围的人和事物反应及自身运动能力、智能和生长发育落后。较少出现甲状腺肿。婴幼儿和胎儿一样是评估碘缺乏病流行程度的目标人群之一。
        儿童青少年对碘缺乏比较敏感，突出的表现是甲状腺肿大。一做来悦，甲状腺肿大率随着年龄的增长而升高，女孩肿大率普遍高于男孩。补碘以后，经过一定时期甲状腺肿大可以恢复正常。因此，一定年龄组（6?12岁或8?10岁）甲状腺肿大率常用于评估人群碘缺乏状况、干预措施效果和病情监测。儿童青少年碘缺乏会对生长发育特别是智力发育造成损害，碘缺乏地区的儿童智力发育没有达到应该有的水平。如果以智力商数表示，碘缺乏使儿电智力商数丢失10?15个百分点。