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安全性问题不断凸现
尽管人工辅助生殖技术不断发展，但其安全性问题随之凸现。据最近《新英格兰》医学杂志报告，试管婴儿出生时带有严重生理缺陷和体重不足的几率是普通婴儿的两倍。即使排除人工受精导致多胎的可能性，单胞胎试管婴儿出生时体重过轻或者带有缺陷的风险也很高。
专门研究试管婴儿生理缺陷的澳大利亚大学科学家米歇尔·汉森报告说，他带领的科研小组发现，通过人工受精这种再生生殖手段怀孕的婴儿，出生一年内被诊断出有严重生理缺陷的几率比自然怀孕的婴儿高两倍。这个结论是对837名通过试管混合法产下的婴儿、301名通过精子注射法产下的婴儿与4000名普通婴儿进行对比评估得出的。研究认为，人工受精时需要将卵子从女性体内暂时取出，然后将其放在试管里与精子混合使其结合，或者直接将精子注射进卵子里面，外界因素会对精卵结合产生影响。
美国亚特兰大疾病预防与控制中心医学专家劳拉·谢弗的研究支持了这个观点。他们对美国1996年到1997年间出生的42463名试管婴儿与1997年间出生的430万普通婴儿进行了对比。虽然试管婴儿在1997年前出生的10岁以下婴儿中只占0.6％的比例，但在体重不足的婴儿中，试管婴儿却占了7.8％。体重过轻的新生儿在出生后很有可能引起并发症，死亡率高于普通婴儿。波士顿大学公共卫生学院艾伦·米切尔博士说，如果这个新发现是准确的，那么单胞胎试管婴儿在出生时可能体重只是正常怀胎婴儿体重的94％，而出生时不带有严重生理缺陷的双胞胎试管婴儿可能体重只有正常婴儿的91％。
专家认为，人工辅助生殖技术在操作中还带来其他安全性问题，如丈夫精液质量不高，采用单精子注射到妻子卵胞浆内，生出的孩子患病风险大；体外受精（试管婴儿）生出的孩子，因受精在试管培养液内，这些孩子也需长期监测。促超排卵技术，冷冻精子、卵子和胚胎技术，减胎技术等，出于经济驱动、利益需求等目的带来的滥用，都会导致技术的安全性问题。
伦理问题更加突出
相对于技术安全，人工辅助生殖技术带来的伦理问题似乎更多。首先是技术本身。例如，求助于第三者捐赠精子者，在中国有悖传统观念。尹秀云教授讲述一对上海夫妇的案例。他们结婚多年没有孩子，经查丈夫不能射精。求助后，医生用供体人工授精技术使他们终于获得一子。但公婆知道孩子不是他们家的“种”后，拒绝容纳，将孩子连同儿媳赶回娘家。
此外，还有代孕母亲、多胞胎等问题。按自然规律，人类妊娠多胞胎概率只有1/10万至1/20万，而辅助生殖技术带来的“多胞胎”现象已经不足为奇，甚至泛滥成灾。我国仅2003年6月以来，各地媒体多胞胎的相关报道高达200多条，可见多胞胎出生率近年在我国也呈飙升之势。代理母亲在国外已扯出很多官司，中国内地现在全面禁止代理母亲，但香港地区则规定代理母亲与孩子是亲子关系，法律不能强制她放弃。据介绍，如果供精、供卵、体外受精、代理母亲技术相结合，一个孩子最多可以有5个父母：两个父亲——供精者、养育者；3个母亲——供卵者、代理母亲（代孕者）、养育者。
辅助生殖技术还引发出其他伦理问题：未婚女子、女性同性恋者能否通过这项技术生育后代。如两个女同性恋者采取人工受精技术将供体的精子注射入宫内，自然受孕，生出孩子共同抚养是否被允许？通过辅助生殖技术，进行基因操纵，“定做”孩子是否合适？女性尸体能否成为不育妇女提供卵子的来源？这些在技术上都能做到，但是否都应该做？
中国社会科学院研究员邱仁宗教授认为，我们利用技术的知识，大大超前于我们预测其对人类和生态可能带来的后果的知识。我们不能确切知道会发生什么，也不能确定地排除什么，甚至不知道什么东西我们不知道（例如转基因、生殖细胞基因治疗）。正因如此，我们需要对自然怀有敬畏之心。正向法国哲学家马赛尔所说：“今天，哲学家首要和唯一的义务是保护人类不受自身不人道行为的影响。这种不人道行为往往不自觉，但有诱惑力。”
